日本长崎大学大学院
教育学研究科
教职实践专业（专业学位课程，教职大学院）
教科实践专业（修士课程）
经济学研究科（博士前期课程·博士后期课程）
工学研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）
综合工学专业（博士前期课程）
生产系统工程专业（博士后期课程）
绿色系统创建科学专业（5年一贯博士课程）
水产·环境科学综合研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）
水产学专业（博士前期课程）
环境保全设计专业（博士前期课程）
环境共生政策学专攻（博士前期课程）
海洋环境资源学专攻（博士后期课程）
海洋场生命科学专业（5年一贯博士课程）
医齿药学综合研究科
修士课程
热带医学专业
保健学专业
生命科学专业药
博士课程
医疗科学专攻
新兴感染症病情控制学系专业
放射线医学科学专攻
博士后期课程
生命科学专业药
国际健康开发研究科（修士课程）
国际健康开发专业
附直研究所
长崎大学热带医学研究所（坂本，通称：热研）