1、大学毕业去日本读研是肯定可以的。你有两种选择：一个是在国内申请日本的研究生，这里注意研究生在日本的定义是旁听生，不是我们中国所想的研究生。在国内申请研究生的条件是你的语言要至少达到二级水平，有些好学校，文科类的院校会要求达到一级水平。这个是基本的条件，其他的还要看你的个人条件比如说出身校，大学成绩等等。如果你申请成功了就先去日本读半年到一年的旁听生，然后由教授考核你，考核通过可转为修士，这才是真正意义上的硕士；
第二个是你大学毕业可以申请语言学校去日本读语言，一是把你的日语学好，第二个是你在日本可以直接报考日本大学的修士，不用作旁听生（研究生）了。
2、签证的问题不用担心，只要你是真心想去学习，赴日目的明确（不是去打黑工）就可以成功。尤其你是一本生，条件很不错。还有就是家里要有一定的经济能力，第一年会贵一些，大概八到九万人民币（学费+住宿+生活费），之后你在日本熟了，可以自己打工，大学可以申请到奖学金，就不会花很多钱了，基本上父母只给你拿学费（五万左右）就可以了，有些同学连学费都可以自己赚到。再说说申请的费用，我们不收取申请费，免费帮你申请你想去的学校，我们会根据你个人的意愿给你推荐学校，最后由你自己选择，所以你也可以省下一大笔申请费，够你在日本旅行一圈的了。
3、关于日语能力：如果你不在国内申请研究生的话其实不需要日语能力。但是我建议你最好在出国前考过日语考试的N5或是JTEST-F级。有一点日语基础到了日本可以缩短你适应的时间。
4、你这个问题的答案基本上我都在上文解答过，到底用不用上语言学校我还需要你提供更详细的条件。weixin:lvpidongche-japan 有不懂的问题可以问我。我也可以根据自己的经验帮你出个主意。